La prima sezione raccoglie la parte più consistente dell’intero archivio, e consta di 201 fascicoli in cui sono raccolti manoscritti sia di Luigi sia di Antonio Pacinotti.
Sul dorso del dodicesimo faldone c’è scritto: "seguito 199-200-Fine e 210 211". I fascicoli contenuti sono tre: il primo è un gruppo di centinaia di carte che concludono il fascicolo I.199 per il quale Polvani scelse il titolo Manoscritto incompleto riguardante il "Corso di fisica tecnologica di L. Pacinotti". Poi c’è un fascicolo con segnatura I. 200 che contiene «Lettere a Andrea Zambelli» e un altro che reca sulla copertina due segnature: I. 210 e I.211 su cui c’è scritto "Carte di nuova archiviatura" e poi, a matita, I.210 (1-2-3-4-5) e I.211 (1-2). I fascicoli, dunque, se è stata rispettata la sequenza della numerazione dovrebbero essere 211, ma di eventuali fascicoli numerati da 201 a 209 non c’è traccia, almeno per le verifiche che è stato possibile effettuare fino a questo momento. Quindi, fisicamente, la Sezione I consta allo stato attuale di 201 fascicoli.

La seconda sezione, dei quaderni che contengono note, risultati, progetti relativi a ricerche sperimentali, appunti svariati [...] fissati da A. Pacinotti quasi giorno per giorno, in forma di diario, dal 7 febbraio 1861 al 10 maggio 1911. I quaderni furon dallo stesso Pacinotti denotati con le lettere A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R

La terza sezione comprende appunti e annotazioni presi alle lezioni dei professori Meneghini, Betti, Botto, Lavagna, Mossotti, Doveri su vari argomenti.

La quarta sezione, identificata con un generico "varia" raccoglie: ricevute di spese per il Dottorato di L. Pacinotti, alcune carte inerenti alla professione di avvocato di L. Pacinotti, cenni biografici di A. e L. Pacinotti, carta topografica di Pistoia, vecchie stampe, cartelli scritti da A. Pacinotti, copie delle parti dei libretti del 1858-60 di A. Pacinotti cosí detti "Sogni" che non sono state fotografate, fotografie di documenti, macchine, disegni di Antonio Pacinotti studente, una memoria di Edmond Becquerel con una lettera autografa dello stesso Becquerel.

La quinta sezione è dedicata agli inventari: sei, più un fascicolo di "appunti inventariali varii".

Di seguito viene riportato l'elenco dei documenti in ordine cronologico che riportano le vicende del fondo e  costituiscono  una documentazione aggregata dell'archivio Pacinotti. Di ogni documento vengono indicati nell'ordine: anno, data completa topica e cronica, autore, destinatario, oggetto ed eventuali annotazioni. I documenti di questo elenco sono presenti in fotocopia.